中国科学院北京基因组研究所于军研究员指导的，硕博生朱江、和夫红等所在小组利用基于EST数据对基因表达组织特异性的重新评估，在基因结构、进化选择、起源时间和启动子结构等方面对housekeeping (HK)和tissue-specific (TS)基因进行了系统的分析，研究工作取得进一步成果。研究进展发表在近期出版的爱思唯尔期刊《遗传学趋势》（Trends in Genetics）杂志上。

研究结果表明：HK基因的基因组长度、转录本长度和外显子个数都显著大于TS基因，具有相对松散的基因结构。在进化上，HK基因的编码区和核心启动子均受到负选择，相比TS基因具有较强的序列保守性。HK基因具有较为古老的进化起源，超过50%的HK基因起源于脊椎动物分化前而仅有5%的TS基因如此。在启动子结构上，超过80%的HK基因的核心启动子位于CpG岛内而仅有20%的TS基因如此。大多数(60%)TS基因核心启动子内既没有CpG岛也没有TATA元件，这部分基因的转录起始机制仍有待进一步研究。上述结果揭示了HK基因在构成基本转录组时具有的特殊角色，同时是理解多细胞生物中细胞特异转录组的重要基础。

细胞特异表达模式的建立决定了细胞分化的过程，胚胎干细胞转录组和分化细胞特异的转录组分别是这一过程的起点和终点。该小组目前正在开展关于胚胎干细胞转录组的研究，分析HK基因和TS基因在细胞分化过程中的动态表达模式和表观修饰模式。该研究对于系统理解细胞分化过程中的转录因子调控、基因组表观修饰调控等基因表达调控机制具有重要意义。