在大多数真核生物基因组中，DNA胞嘧啶甲基化（5-甲基胞嘧啶）是一种常见的非基因影响引起的修饰，它广泛存在于植物和脊椎动物细胞的有丝分裂过程中，通过一些未知的机制使启动子甲基化富集引起了强的转录抑制。转座子沉默同样是DNA甲基化的重要功能。植物利用5-甲基胞嘧啶糖苷酶和碱基去除修复路径清除多余胞嘧啶的甲基化。在动物当中，通过不同的机制来激活去甲基化路径。

近日，哥伦比亚大学内外科医学院的Ooi和Bestor对DNA去甲基化的多样历史进行了综述。《自然》杂志最近的两个报道认为，去甲基化过程同样是由加甲基的酶来激活的，DNA甲基化转移酶DNMT3A和DNMT3B。动物中的激活DNA去甲基化研究以公认的5-甲基胞嘧啶的去甲基化酶开始的，而哺乳动物去甲基化酶的存在一直存在很大的争议。当动物中DNA去甲基化酶的证据还存在争议的时候，植物中的去甲基化路径机制已经很清楚。在开花植物中，5-甲基胞嘧啶存在于多序列中，用于转座子的转录沉默和MEDEA等位基因的表达。

但同转录相关联的去甲基化并不是必须激活去甲基化途径。同启动子和非启动子序列结合的转录因子足够引起依赖于复制的、被动的去甲基化。动物DNA去甲基化的机制长期以来都有争议，同样，依赖于复制的去甲基化在动物生物学中同样是不确定的，还需要后续深入研究。相关论文发表在《细胞》（Cell）杂志上。