非等位基因在配子形成时可以自由组合到不同生殖细胞中，人们把这条法则称为孟德尔第二定律，即自由组合律。基因的自由组合定律的实质是：在进行减数分裂形成配子时，同源染色体上的等位基因彼此分离，同时非同源染色体上的非等位基因自由组合，彼此独立，互不干扰。